Durante la etapa de Marcel Koller como técnico, lograron avanzar hasta cuartos de final de la Europa League, quedando eliminados luego de perder frente al FK Shajtar Donetsk por 4-1. Durante ese periodo de tiempo, el Basilea perdió su hegemonía en cuanto a títulos de la Superliga suiza, no pudiendo obtener una consagración en su liga luego de la campaña 16-17. Desde entonces, los últimos campeonatos fueron para su rival, equipacion city el Young Boys.
