La temporada 2000-2001 volvía a ser un nuevo asalto al ascenso que se quedó en el intento. Tras un buen inicio llegó la dimisión de Jesús Aranguren como técnico, provocada por una bronca de la grada tras perder en casa con el RCD Espanyol B por 0-4. La temporada se torció y el Cartagonova tuvo que pelear para lograr la permanencia, asegurándola con 46 puntos en la 13.ª posición. Tras una primera vuelta prometedora en la que el equipo estuvo varias jornadas en la primera posición, equipacion city la situación cambió bruscamente y se acabó la temporada en la octava posición.
