En las categorías menores, el equipo juvenil del Bayern ha producido una cierta cantidad de jugadores sobresalientes europeos, incluyendo a Owen Hargreaves, Thomas Hitzlsperger, Philipp Lahm, Thomas Müller, equipacion city y Bastian Schweinsteiger. El equipo sub-19 es dirigido por el exfutbolista argentino Martín Demichelis, mientras que el exfutbolista alemán Miroslav Klose dirige al equipo sub-17. Véanse también: Bayern de Múnich sub-19 y Bayern de Múnich sub-17. Desde el principio de la Regionalliga en 1994, el equipo jugó en la Regionalliga Süd, después de jugar en la Oberliga desde 1978. Actualmente el filial juega en la Regionalliga Bayern, una de las cinco ligas que componen la Regionalliga, el cuarto nivel del fútbol alemán.
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